Bosna Hersek'in güneyinde yer alan tarihi Mostar kenti, merkezin yaklaşık 8 km güneyinde kendi uluslararası havaalanına sahiptir. Havaalanına 30 km'den daha az bir mesafede ünlü Hristiyan hac yeri Međugorje bulunmaktadır.

Mostar Havaalanı Avrupa'nın en küçük havaalanlarından biridir. Yolculara, tüm kalkışlar için ortak olan çok küçük bir terminal tarafından hizmet verilmektedir. Terminalin girişinden uçağa kadar en fazla 100 metre yürüyebilirsiniz.

Şu anda Mostar'dan Zagreb'e Hırvatistan Havayolları tarafından işletilen ve diğer Avrupa destinasyonlarına bağlantıları olan tek bir düzenli servis bulunmaktadır.

Ayrıca çeşitli İtalyan veya Alman şehirlerinden Mostar'a zaman zaman charter veya sezonluk uçuşlar da yapılmaktadır. Ancak, bu rotalar genellikle sadece bir sezon için çalışır ve daha sonra iptal edilir.

Saraybosna Havalimanı (127 km) veya Hırvatistan'daki Split Havalimanı (183 km) önemli ölçüde daha yoğun bağlantılar sunmaktadır.